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1.上海交通大学：汉芯造假案，轰动全中国。事情发生后，上海交大官方一片沉默，但是据小道消息，上海交大的学生指责是同济大学的错，因为在这一事件的主角陈进是同济大学毕业的。11月，张杰院士就任上海交大新校长，在公布张院士的个人简历时，没有将张院士本科和硕士阶段(在内蒙古大学完成学业)公布。接着又被网友暴料，从1956年交通大学分拆后，上海交大的本科生中没有培养出一位院士，其学校的院士都是采用挖墙角的方式从别的学校挖来，是真是假，只有经过有心人去收集相关资料才清楚了。
2.北京大学：2006年7月，著名美籍华裔教授丘成桐接受媒体采访时称，"北京大学从海外引进的人才，大部份是假人才。"其后北大发表声明指责丘成桐歪曲事实。一时间丘成桐、北大、诸专家学者、教育部均卷入这场广受关注的纷争。按网络留言看，大多数人认同丘成桐的说法，同时，有人在网络上宣称，北大将原本公布在网络上的"长江学者"资料在争议最大的那几天内修改，和原来数据有很大出入。9月，北大副教授阿忆在其博客上公布他在北大的工资单"哭穷"，以作为他对"教师和走穴"看法的证据，招来一片骂声。
3.南京师范大学：2006年9月，南京师范大学音乐学院2003级舞蹈编导专业全体10名女生，被学校"强行组织"提前下课去参加了一次前所未有的任务--陪来校察看的领导跳舞。爆出今年中国教育界最让人摇头的事情，被网络指责为高校教育的彻底堕落，与个别官场败类同流合污。
4.四川大学：在整个2006年，四川大学关于学术造假的风波不断，1月的丘教授学术造假事件还没有结果，又接连爆出院士学术造假，副书记学术造假等事情，教育部的回答说，四川大学正在调查，随后会对全国人民有个交代的，但至今没有下文。
5.上海师范大学：2006年6月，上海师范大学2002级油画本科班12名学生论文被集体"枪毙"，随后被爆料，事件背后真正的原因涉及院长徐芒耀与该班指导老师刘大鸿之间的学术分歧，所以才会使得学生的12篇论文成了学术分歧的陪葬品。
6.北京外国语大学：2006年4月，北京外国语大学认定该校2002级女博士生卫英(化名)以小广告、电子邮件等方式对导师进行骚扰、辱骂和人身攻击，并对另外两名老师进行骚扰，决定开除该学生学籍，并表示这是一个证据充分的"铁案"。随后卫英在申诉无效情况下，向北京教委提起行政复议，最终北京教委撤销了北外的开除决定。究竟是卫英如北外所说的荒唐，还是北外如外界所论的荒唐？我们不得而知，在2005年北京交通大学被揭发一女性考生用身体换一位教授的考研题的事情后，外界公众对高校的道德水准期望继续下降。
7.华中科技大学：2006年6月，华中科技大学教授肖传国正式向武汉中级人民法院起诉学术打假斗士方舟子，状告方在网络上的一篇关于学术打假的文章让其不能获选为院士，创下中国学术界的前所未有的一大新闻，让一个和医学科学沾不上边的的法官来断学术纠纷案，实在有些让人摸不着头脑。
8.兰州大学：兰州大学作为教育部布局大西北的重点支持高校，国家在很多政策上都对兰州大学倾斜对待。但是在2006年10月，爆出特大商业贿赂案，兰州大学院长书记两厅级官员利用负责住宅楼萃英花园及该医院医疗综合大楼工程建设项目的职务便利大肆收受建筑商巨额贿赂，涉案金额高达1593万元。
9.天津大学：2006年11月，天津大学原校长单平被罢免第十届全国人民代表大会代表职务，该决定的起因是天津大学分管财务副校长杭建民挪用资金炒股票，造成天津大学的损失3750万元以上。时任校长单平在这一重大资金损失案中负有失察责任，其行为构成严重失职错误。创下中国高校挪用公款炒股第一案。
10.中国人民大学：高校不惜重金大兴土木的现象，早已不是新闻了，最新一条是2006年8月，媒体报导中国人民大学耗资百万给三层食堂修建了两部豪华观光电梯，一幢三层小楼，在墙体外面装上豪华的观光电梯，显赫华贵气派奢侈，很有国际化的规格和大家风范，但公众关心的是一个刻意追求外表上的"辉煌"，而漠视大学的内涵的大学，一个连三层楼房也要建"观光电梯"的大学，拿什么来自立于世界高校之林，引发人们关于对大学要求太高，还是大学迷失了自己的争论。
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北京
